该项目由中国科学院古脊椎动物与古人类研究所（IVPP）的付巧妹教授领导。来自陕西省考古研究院和其他几家机构的研究人员也为这项工作做出了贡献。
在超过13年的时间里，团队对来自169个古人类样本（144个无关个体）的核DNA进行了大规模、高分辨率的分析。这些遗骸来自石峁、附近的考古遗址以及晋南地区。
中国古代的一座大型设防聚落
石峁遗址年代距今约4200-3700年，位于中国陕西省北部。这座巨大的石砌城址占地约四平方公里，被划分为不同的功能区。
考古证据表明，石峁拥有一个等级森严的社会，具备有组织的政治和社会体系。该遗址还出土了大量关于祭祀活动和人祭的证据。
本地根源与远方联系
研究人员将新获得的基因组与中国各地人群此前发表的古DNA进行了比较。结果表明，石峁的大多数居民是大约1000年前生活在这个地区的当地人的后代。
分析还揭示了与仰韶文化的遗传和文化联系，仰韶文化是在黄河附近的黄土高原上发展起来的一支主要新石器时代文明。这些联系为石峁人群的来源及其社会发展方式提供了重要线索。
石峁人群还与陶寺文化（晋南）相关社群、草原裕民相关人群以及南方稻作农业人群密切相关。这些关系表明，在广阔的地理区域内，史前农耕和牧业社群之间存在广泛的接触与交流。
古DNA重建石峁家族
在石峁东门附近发现了约80个人头骨。在晚商时期之前，中国没有其他考古遗址出土过如此大量的人头骨。
遗传分析使研究人员能够重建跨越多达四代的家族谱系。结果表明，石峁的社会等级是通过父系继嗣组织的，意味着血统和地位是通过父亲追溯的。该人群也遵循从夫居的居住模式，即女性通常搬到男性伴侣的家庭或其附近居住。
这些模式共同提供了一个难得的视角，展示了家庭关系如何在聚落内塑造权力、继承和社会等级。
石峁东门的男性人祭
这些发现也推翻了关于石峁东门附近被祭祀人群的一个长期观点。早期的解释认为大多数受害者是女性，但遗传证据显示，那里检测的十个埋葬个体中有九个为男性。
在聚落的不同区域出现了一种明显的模式。男性祭祀受害者集中在东门附近，而女性祭祀遗骸则发现于包括皇城台和韩家圪旦在内的高等级墓地中。
这种分离表明石峁的祭祀活动是经过精心组织的。男性和女性可能被选用于不同的仪式，其角色由仪式的目的和举行地点决定。
早期国家兴起的新线索
遗传证据表明，石峁人群主要发展自陕北具有仰韶文化血统的本地群体。这确立了该地区至少1000年的文化和遗传连续性。
与此同时，该人群与远方社群的联系表明石峁并非孤立存在。其居民参与了连接中国北方、中部和南方农耕与游牧社会的广泛网络。
该研究还提供了首个直接的遗传证据，可用于调查石峁的权力是如何继承的、谁属于其统治家族以及不同的社会阶层是如何形成的。这些见解可能有助于研究人员更好地理解促成东亚早期国家兴起的家庭制度和政治结构。