从基因组到花园：引入园艺作物搜索引擎

随着基因组学深刻重塑我们对园艺作物的理解，研究人员经常要处理分散而复杂的基因组数据。这种碎片化严重阻碍了有效的分析和应用，对更具凝聚力的研究工具提出了明确的需求

解决这一需求对于释放基因组见解的全部潜力至关重要，以提高作物质量、多样性和抵御日益增长的农业需求的能力

北京农业大学的研究人员与国际科学家合作，宣布开发园艺基因组搜索引擎（HSE），于2024年4月8日发表在《园艺研究》杂志上。

该研究引入了一种新型搜索引擎，旨在查询和分析500多种园艺作物的基因组数据，增强了我们对基因功能和作物改良的理解

HSE将500多种园艺作物的基因组数据整合到一个统一的平台中，提供了方便的访问和有效的遗传信息比较。HSE配备了先进的工具，如基本局部比对搜索工具（BLAST）和Synteny Viewer，简化了基因查询和功能注释过程

批量查询界面和丰富分析等功能简化了数据导航，提高了研究效率。该引擎识别关键基因家族的能力，如番茄中的TCP转录因子，突出了其在推动基因组研究和农业创新方面的重要作用

HSE的联合开发者张军飞博士表示，“HortGenome搜索引擎是园艺基因组学的一个重要突破，提供了无与伦比的广泛基因组数据访问。该工具彻底改变了植物基因组研究，大大加快了作物改良的发现和应用。”

HSE不仅简化了基因组研究，还深刻影响了作物育种和基因保护。通过简化基因组数据的获取和分析，HSE使研究人员能够快速确定与理想性状相关的基因，从而加快培育更有营养、更有弹性、更符合可持续农业实践的作物品种 More information: Sen Wang et al, HortGenome Search Engine, a universal genomic search engine for horticultural crops, Horticulture Research (2024). DOI: 10.1093/hr/uhae100

Journal information: Horticulture Research