数百个新的基因组序列填补了果蝇生命树的空白

美国斯坦福大学的Bernard Kim及其同事在7月18日出版的开放获取期刊《PLOS生物学》上报道，大量新的基因组序列数据填补了果蝇生命树中的主要空白。果蝇是生物研究中的经典模式生物，是首批进行全基因组测序的物种之一。果蝇科有4400多种物种，其多样性可以提供对进化模式和过程的见解。但这些物种中只有一小部分进行了基因组测序，大多数已发表的果蝇基因组序列都来自非常有限的具有代表性近交实验室菌株的物种

为了解决这个问题，研究人员对果蝇科179种苍蝇的基因组进行了测序，包括野生捕获的苍蝇、保存的博物馆标本和实验室饲养的菌株

使用结合了最新短读和长读测序技术的混合测序方法，他们能够从有限的材料中生产出低成本、高质量的基因组序列

他们利用新的基因组序列和之前发表的数据，为果蝇科360个物种构建了系统发育树，深化了我们对这些物种进化关系的理解。他们还比对了近300个果蝇基因组，作为未来比较基因组学研究的开源工具，如全基因组比对

虽然对哺乳动物等大型生物的大规模测序工作正在顺利进行，但这项研究表明，对个体苍蝇等小型生物的基因组测序现在是可能的，即使是那些在博物馆保存了长达二十年的生物

作者补充道，“现在完全可以考虑为数百或数千个物种组装基因组，即使在单个实验室的研究预算内也是如此。这种大规模的、分支级的采样将为我们研究果蝇等不同群体的基因组序列提供前所未有的分辨率，这肯定会提高我们对进化过程的理解。”