病毒数据的“牺牲”为打开疾病发现管道扫清了道路

数以千万计仍然未知或被误解的病毒会导致疾病，包括新的流行病，并影响宝贵的陆地和海洋环境的健康

现在，弗林德斯大学领导的一项国际合作开发了一条新的管道，用于研究“病毒圈”，即世界上所有病毒和噬菌体（攻击细菌的病毒）的基因组

在GigaScience杂志上描述的这个项目中，弗林德斯微生物组探索加速器（FAME）的研究人员与华盛顿大学教授Scott Handley及其同事一起分析了人类群体和珊瑚礁上的病毒，以建立一种强有力的方法来识别所有动物、植物和环境中的病毒，并展示了该管道在未来研究中的灵活性

在FAME主任——微生物学家Robert Edwards教授和海洋微生物生物学家Elizabeth Dinsdale教授的协助下，该项目对英国大型社区粪便样本中发现的病毒进行了深入的宏基因组测试。该研究使用一个大型的英国数据库，调查了数据中的异常情况，包括不同家庭之间的病毒基因组变异

然后，研究人员通过调查来自完全不同环境的病毒数据范围来测试这种方法的可处理性——这些数据来自百慕大珊瑚礁的粘液涂层

生物信息学和人类微生物学教授Edwards说：“病毒是迄今为止地球上最多样化的生物，但病毒测序的准确识别和注释仍处于早期阶段。”

“这条新的管道旨在排除或‘牺牲’数千个基因组序列，以消除不规则性，并找到每种病毒组特有的新型病毒，以找到疾病的‘特征’。”

该项目以古希腊牺牲或屠宰动物的传统命名为“Hecatomb”

爱德华兹说：“现在我们有了一个新的病毒宏基因组学软件平台，可以在序列干草堆中找到病毒，从而更好地了解这些新病毒或现有病毒的作用。”

华盛顿大学医学院病理学和免疫学教授Handley博士表示，Hecatomb项目为研究与炎症性肠病等疾病相关的病毒和噬菌体提供了机会

Handley教授说：“我参与了致力于推进对微生物和病毒生态学以及入侵病原体如何运作和影响人类健康的理解的项目。”

“为此，我们需要生产hecatomb管道，以利用高通量测序技术，并集成能够进行病毒群落分析的计算工具。

”我们使用hecatomp管道对病毒群落成员和功能的改变如何导致疾病进行分类和测试。“

第一作者、南澳大利亚州生物信息学家Michael Roach博士表示，该项目发现了许多独特的病毒，是研究病毒如何影响或加剧肠易激症等常见疾病的坚实起点，甚至是通过减少漂白或污染的影响来拯救珊瑚礁的一种方法。

”来自阿德莱德大学阿德莱德表观遗传学中心的弗林德斯大学学者Roach博士说：“从我们在宏基因组样本中研究的病毒管道中，我们现在可以寻找解释疾病状态的病毒或噬菌体特征，包括样本在家庭之间变化的情况。”Dinsdale教授说，从百慕大珊瑚礁水周围的珊瑚保护性粘液中收集的宏基因组——从靠近海岸和公海的地方——为增进对健康海洋环境中病毒的基因组理解提供了另一个机会Dinsdale教授说：“更精确的宏基因组数据库和分析管道对于了解病毒圈和在气候变化和生物多样性丧失的情况下保护物种至关重要。”她说：“病毒感染和微生物组失衡的流行会影响人类、动物和植物种群。”