用户友好的软件可以检测RNA序列数据中的病毒

加州理工学院开发的一种新的软件算法使研究人员能够轻松地在RNA序列数据中搜索病毒，使科学家能够检测样本中的病毒并研究它们如何影响生物功能

地球上单个病毒的数量几乎是深不可测的：据估计，宇宙中每颗恒星都有1000万个病毒。病毒无处不在，即使它们不会引起疾病，关于它们如何影响我们的日常生活，还有许多未被探索的问题

例如，有理论认为，一些神经退行性疾病，如阿尔茨海默氏症和帕金森氏症，可能起源于病毒感染。新算法建立在一个名为kallisto的现有软件工具上，现在可以揭示这个以前看不见的病毒世界的运作方式

这项研究是在计算生物学、计算和数学科学布林教授Lior Pachter（BS'94）的实验室进行的。4月22日，一篇描述这项研究的论文发表在《自然生物技术》杂志上

“例如，当对人类肺部样本的RNA进行测序时，你捕获了所有的RNA——主要是人类的，但也包括感染人类细胞的任何病毒的RNA，”该研究的第一作者、前研究生Laura Luebbert（博士'24）说。“使用标准分析方法，通常会丢弃有关病毒存在的信息。然而，我们的工具允许研究人员保留和量化这些数据，即使是对于意外或新的病毒。”

现代转录组工具测量细胞中表达的基因，并产生了大量的序列数据。单细胞RNA测序等技术可以识别单个细胞中存在的转录组物质，使研究人员能够了解样本中不同类型细胞的内部运作。原则上，这些数据也为研究这些样本中存在的病毒提供了机会；新工具使这成为可能

Luebbert和她的团队设想该工具将在数据集中广泛使用，以监测新出现的疾病并研究我们周围广阔的病毒世界。

“该产品是一个软件工具，旨在对任何生物学家都友好，”Pachter说。“我们建立了一个名为PalmDB的数据库，该数据库最初由研究人员Robert C.Edgar和Artem Babaian开发，我们添加了自己新颖的算法思想。任何有序列数据的研究人员都可以运行kallisto，找出他们的样本中有什么病毒，以及它们存在于哪些细胞中。”