通过跨学科的合作与交流,我们能够突破传统思维的边界,开拓新的研究领域。

——院长致词

首页 > 科学研究 > 科学与社会

社区制定的图像发布指南有助于解决科学中的再现性问题

本站发布时间:2023-11-20 15:53:18

在科学研究中,大量高科技仪器创建的图像既是插图,也是数据来源特别是光(光学)显微镜的最新技术使各种样品都能进行灵敏、快速和高分辨率的成像,使图像在科学论文中得到广泛应用

并且有发布图像的通用标准这造成了科学过程的一个主要障碍:再现性任何研究人员都希望在没有任何信息的情况下复制这些结果的图像,这是他们之前不可能完成的任务

Rockefeller大学生物成像资源中心(BIRC)高级主任AlisonNorth说:“世界上所有的成像科学家都非常关注这些可产生的风险。”“人们会发布一些关于他们如何获取图像以及如何分析图像的信息。”

这就是为什么包括North和BIRCi图像分析公司VedSharma在内的一些国际专家联盟最近加入了他们的行列,以遵循发布图像和图像分析的指导方针,并收集他们的最佳实践知识这些指南最近发表在《自然方法》杂志的一项开放式研究中

这些指南是在一个为期两年的项目中汇编的,该项目涉及数十名来自QUAREP LiMi(光学显微镜下仪器和图像的质量评估和再现性)的科学家,其中包括来自39个国家的54名成员

其中包括一份供科学家遵循的活动检查表,以及一份发布的完整报告和一张可解读的图片

每个检查列表分为三个级别:最小,描述了可复制图像的基本要求;推荐,这有助于提高理解能力;anddeal,其中包括顶级最佳实践

例如,检查列表包括格式化、颜色处理和注释的标准表明反浪漫形象的起源是最小的;提供建议的灰度、颜色和假彩色的强度比例;并且没有任何图像细节,如理想的曝光时间和曝光时间

诺斯说:“我们建议每个人都用黑白而不是彩色来发布他们的图像,因为你的眼睛对单色的细节更敏感。许多研究者喜欢彩色图像,因为它们很漂亮,也不令人印象深刻。但他们没有意识到它们实际上是在向信息倾斜。”

图像分析检查列表包含三种不同的工作流:已建立的、新的和机器学习例如,花旗集团对建立的工作流程的要求最低,同时为新的工作流程提供一个屏幕记录

诺思说,这是特别重要的,因为美国国立卫生研究院的基金会研究人员必须包括符合新美国国立卫生院数据管理政策要求的数据管理协议“人们一直在说,‘我们应该做什么?’这篇论文给出了这些指导方针。”

这位科学家早就明确表示,数据分析工作流程对科学期刊也很重要;作为科学知识的主要传播者,记者们坚持认为,他们发表的论文是透明的,而不是复制结果为此,记者编辑必须与编辑们进行交流

Sharmasay说,这些指南通常会增加纸上数据的可访问性Sharma说:“有很多信息可以包括在纸上,但大多数时候都不可用,或者读者必须深入到纸上的窗口,以便了解图像。”“如果科学家们开始采用图像出版的动物标准,那么每个人的可复制性都会提高。”


来源:

Materials provided by
Rockefeller University.
注明: Content may be edited for style and length.


参考:

  1. Christopher Schmied, Michael S. Nelson, Sergiy Avilov, Gert-Jan Bakker, Cristina Bertocchi, Johanna Bischof, Ulrike Boehm, Jan Brocher, Mariana T. Carvalho, Catalin Chiritescu, Jana Christopher, Beth A. Cimini, Eduardo Conde-Sousa, Michael Ebner, Rupert Ecker, Kevin Eliceiri, Julia Fernandez-Rodriguez, Nathalie Gaudreault, Laurent Gelman, David Grunwald, Tingting Gu, Nadia Halidi, Mathias Hammer, Matthew Hartley, Marie Held, Florian Jug, Varun Kapoor, Ayse Aslihan Koksoy, Judith Lacoste, Sylvia Le Dévédec, Sylvie Le Guyader, Penghuan Liu, Gabriel G. Martins, Aastha Mathur, Kota Miura, Paula Montero Llopis, Roland Nitschke, Alison North, Adam C. Parslow, Alex Payne-Dwyer, Laure Plantard, Rizwan Ali, Britta Schroth-Diez, Lucas Schütz, Ryan T. Scott, Arne Seitz, Olaf Selchow, Ved P. Sharma, Martin Spitaler, Sathya Srinivasan, Caterina Strambio-De-Castillia, Douglas Taatjes, Christian Tischer, Helena Klara Jambor.
    Community-developed checklists for publishing images and image analyses. Nature Methods, 2023; DOI: 10.1038/s41592-023-01987-9

排行榜

备案号:京ICP备2023036195号-1

地址:北京市丰台区南三环西路16号2号楼

地址:山东省济南市历城区唐冶绿地汇中心36号楼

电话: 400-635-0567

北前院微信公众号