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研究人员完成濒危植物湖南报春线粒体基因组分析

本站发布时间:2024-05-17 01:24:48

湖南报春湖南报春,为苦苣苔科韩氏报春属的一种多年生草本植物。它非常适应低光照和贫瘠的洞穴环境,在物种进化和环境适应方面具有独特性。湖南P.hunanensis具有美丽的花朵和优美的形状,这使其具有园艺栽培的价值

然而,其栖息地独特,分布范围极窄,仅分布在湖南省的一个县。据估计,野生植物数量不到800种,被列为濒危植物,代表了湖南非常少的野生植物种群

线粒体基因组(mtDNA)研究也被应用于植物保护和遗传改良。在苦苣苔科中,仅报道了两个种的mtDNA

中国科学院武汉植物园的研究人员与湖南师范大学的研究人员合作,利用最新的测序技术,利用长读优势(纳米孔),首次完成了湖南假单胞菌完整mtDNA的测序和组装

研究结果发表在BMC Genomics上,标题为“湖南报春苣苔(苦苣苔科)初始完整线粒体基因组的组装和比较分析:一种洞穴濒危植物。”

研究员分析了湖南报春的mtDNA特征,包括基因含量、密码子使用偏好、重复序列、RNA编辑,以及与唇形科已发表的mtDNA的比较系统发育关系和基因组协方差

他们发现湖南p.hunanensis的mtDNA全长575242bp,GC含量为43.54%。长时间读取的数据支持将其组装成共编码60个基因的线性结构,包括37个蛋白质编码基因、20个转移RNA基因和3个核糖体RNA基因

此外,蛋白质编码基因占mtDNA总长度的9.32%,共有31个密码子的相对同义密码子使用值大于1.116个简单重复、7个串联重复和362个分散重复序列,并鉴定了455个潜在的RNA编辑位点

协方差分析结果表明,湖南对虾与近缘种之间存在大量的基因组重排。基于线粒体基因组拓扑结构的系统发育研究表明,湖南扁蝶与水杨亲缘关系密切

这是报道的第一个完整的Primulina mtDNA和第三个完整的苦苣苔科mtDNA,是对有限植物mtDNA数据库的重要补充

More information: Lingling Chen et al, Assembly and comparative analysis of the initial complete mitochondrial genome of Primulina hunanensis (Gesneriaceae): a cave-dwelling endangered plant, BMC Genomics (2024). DOI: 10.1186/s12864-024-10247-9

Journal information: BMC Genomics

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