用于高级计算模拟的新的简化DNA模型

DNA是一种分子，包含生物体发育和功能所需的所有遗传信息。它被组织成一种叫做“染色质”的结构，这种结构存在于细胞核内。染色质的形状直接影响基因的活性，因此，详细了解DNA的结构并能够预测其变异是很重要的

现在，发表在《核酸研究》杂志上的一篇论文提出了一种称为CGeNArate的简化DNA模型，该模型可以进行快速准确的计算模拟

这项研究由巴塞罗那大学化学学院教授、位于巴塞罗那科技园的生物医学研究所（IRB Barcelona）分子建模和生物信息学实验室负责人莫德斯托·奥罗斯科领导

该方法使用了一种特定的方法，该方法包括通过减少自由度来简化复杂系统，并将原子分组为粗粒度单元。此外，它还使用机器学习算法来重建模拟轨迹的原子分辨率。这使得可以在不需要复杂和耗时的模型的情况下研究DNA的结构和行为，从而促进更快、更容易获得的研究

UB生物化学和分子生物医学系教授莫德斯托·奥罗斯科指出：“这种新模型可以用于需要以详细而灵活的方式研究DNA结构的项目。尽管该模型已经发挥了作用，但我们正在努力改进它，并将其应用于细胞核的其他成分，这可能会在生物医学研究中开辟新的机会。”

研究团队测试了新工具，并验证了其获得高速染色质模拟的潜力。该模型可以观察酵母基因中特定DNA片段的行为，还可以模拟线粒体中的DNA结构，并在各种情况下再现不同DNA结构的灵活性

“它还能够模拟被称为微小环状的小型环状DNA结构的形成，”David Farr说-该研究的第一作者、同一实验室的博士生Gil。这些结果证明了该方法对DNA和染色质进行详细分析的有效性