研究发现持久性蛋白质可能影响代谢组学结果

Van Andel研究所的科学家在常见的代谢物样本中发现了1000多种以前未被检测到的蛋白质，尽管采用了旨在将其清除的提取方法，但这些蛋白质仍然存在

发表在《自然通讯》上的研究结果为科学家们提供了改进未来代谢组学实验的新见解和工具，包括在提取过程中去除这些蛋白质的新方案。这项研究并没有使先前的结果无效，而是强调了在实验设计和分析中适当控制和验证的重要性

VAI质谱核心主任、该研究的通讯作者Ryan Sheldon博士说：“科学进步往往是通过偶然和敏锐观察的结合来实现的。在这种情况下，我们在一次实验中注意到了一个奇怪的结果，深入研究后发现，这片广阔的蛋白质景观正在被标准代谢物提取所滑动。”

“这些蛋白质会掩盖结果，并可能导致假阳性和假阴性。我们希望我们的发现能提高人们对这些蛋白质组学偷渡者的认识，并进一步加强代谢组学领域。”

长期以来，人们一直认为用于提取代谢物的化学物质会破坏样本中存在的蛋白质，从而防止它们干扰最终分析。该研究表明，一些蛋白质可以耐受，这可能会改变提取样品的预期表型并改变结果

为了筛选出这些可能有问题的蛋白质，Sheldon和同事在他们的标准提取过程中增加了一个过滤步骤，可以去除大于3千道尔顿的蛋白质——这是一个包含大多数蛋白质的阈值

“确保我们的表型不含任何混杂蛋白对于获得准确的结果至关重要。我们的发现帮助我们做到了这一点。”