用户友好的软件可以轻松估计3D基因表达分布

筑波大学的研究人员开发了“tomoseqr”，这是一种新的软件工具，可以轻松估计基因表达的三维（3D）空间分布。Tomoseqr可以免费使用，并已集成到Bioconductor中，Bioconductor是一个广泛使用的国际生命科学软件平台。这一创新工具将有可能帮助研究人员识别参与生物体发育、疾病机制和再生生物学的关键基因。这项研究发表在《公共科学图书馆·综合》杂志上

了解基因表达的三维空间分布——其中基因在生物组织中是活跃的还是不活跃的——对于揭示基因功能至关重要。估计这种分布的一种方法是RNA断层扫描，涉及沿三个正交轴制备冷冻组织切片，对每个切片进行RNA测序（基因表达分析），并叠加表达数据以重建3D基因表达图。然而，处理这些数据需要高级编程技能，这对没有计算专业知识的研究人员来说是一个挑战

研究人员现在开发了tomoseqr——一种用户友好的软件，旨在估计3D空间基因表达分布。Tomoseqr具有直观的图形用户界面，简化了组织形态数据的创建，并实现了3D基因表达模型的可视化。该软件是免费提供的，使广泛的研究社区可以访问这一复杂的分析

通过将tomoseqr应用于斑马鱼的基因表达数据，研究人员成功地复制了已知的基因表达模式，证实了该软件的准确性。此外，他们分析了涡虫（一种以再生能力而闻名的模式生物）中的大约18000个基因，并绘制了每个基因表达的3D空间分布图。这种数据驱动的方法还确定了具有显著空间波动的基因，表明它们在组织再生等生物功能中的潜在作用

值得注意的是，tomoseqr已被全球公认的生命科学软件平台Bioconductor采用，使各个领域的研究人员能够利用其进行3D基因表达分析的能力。该工具将有可能推动发育生物学、疾病研究和再生医学的进步，扩大科学发现的机会 More information: Ryosuke Matsuzawa et al, tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography, PLOS ONE (2025). DOI: 10.1371/journal.pone.0311296

GitHub: github.com/bioinfo-tsukuba/tomoseqr

Journal information: PLoS ONE