测序鉴定不可培养军团菌

退伍军人病（LD）是一种罕见且严重的肺炎，是由军团菌引起的呼吸道感染。诊断LD最准确的方法之一是对患者下呼吸道的样本进行培养，但这些样本很难获得。此外，生长培养物需要专门的培养基和孵化时间和条件，而许多实验室缺乏这些；因此，LD可能诊断不足

在《临床微生物学杂志》上，奥尔巴尼纽约州卫生部的研究人员描述了一种使用全基因组测序来识别不需要培养的嗜肺乳杆菌的成本效益高的方法。研究人员表示，该方法可以用于更好地分析可用标本，并能够更密切地监测LD的爆发，特别是在难以培养的地方或病例中

纽约州卫生部细菌病主任Kimberlee Musser博士说：“当疫情爆发时，我们有一些样本，但我们无法取出培养的分离物，这很有挑战性。”。她说，新方法不需要种植这种隔离物。“我们只依赖标本中的生物体。”

这种方法依赖于一种名为RNA诱饵的技术。它始于研究人员已经培养出的已知生物体。“我们把它们切成小块，”Musser说，然后产生与这些物种相关的RNA。他们使用这些RNA链&mdash；诱饵&mdash；从未知标本中提取DNA，然后对其进行测序和确认

他们的方法，称为杂交捕获，已经被证明是有用的。美国历史上最致命的LD疫情之一发生在2015年，发生在纽约市南布朗克斯的一个低收入社区。疫情造成16人死亡，100多人住院治疗。这项调查使包括Musser在内的研究人员将该地区特定冷却塔的气溶胶作为来源

然而，使用全基因组测序，并非所有病例都与应受谴责的菌株明确相关。在这篇新论文中，Musser和她的同事对2015年疫情受害者的尸检样本（无法培养）进行了杂交捕获，并在某些情况下确定了疫情的源头

纽约卫生部的研究科学家、该论文的三位第一作者之一Phil Weeber说：“[尸检]样本通常是最难培养的样本，因此我们可以使用一种方法对这些样本进行测序，这是非常有用的。”

在之前的工作中，Musser的团队使用杂交捕获技术来识别产生志贺毒素的大肠杆菌，使用粪便样本，无需培养。她说，杂交捕获提供了一种改进传染病监测的方法

“我们正处于一个非常激动人心的时期，有了这些新的下一代测序方法，”Musser说，“我认为我们能做的工作越多，就能更好地理解和利用许多方法，我们就越接近于在公共卫生调查中回答许多问题。”