新工具实现了对整个基因组的系统发育学分析

由加州大学圣地亚哥分校的电气工程师领导的研究人员开发了一种更好的方法来对整个基因组进行比较分析。这种方法可用于研究不同物种在地质时间尺度上的关系

这种新方法有望揭示进化如何塑造当今基因组以及生命之树是如何组织的。这项名为CASTER的新方法在2025年1月23日发表在《科学》杂志上的一篇论文中进行了描述。

CASTER将为生物学家提供一种比最先进的全基因组比较方法更具可扩展性的方法。考虑到现存和已灭绝物种的测序基因组数量激增，这一点尤其重要

所有这些基因组都可以通过系统基因组学分析进行比较研究。CASTER提供可解释的输出，这将帮助生物学家不仅了解物种关系，还了解整个基因组的进化历史

加州大学圣地亚哥分校电气工程教授、《科学》杂志论文的通讯作者Siavash Mirarab说：“自21世纪初以来，无数研究声称‘全基因组’系统发育重建；然而，这些研究都是基于散布在基因组中的子采样区域，总共只占任何给定研究中每个完整基因组的一小部分。使用复杂模型分析所有基因组位置似乎遥不可及。”

“让我兴奋的是，我们现在可以使用广泛可用的计算资源，使用跨物种排列的每个碱基对进行真正的全基因组分析。”

该论文的第一作者Chao Zhang说：“达到这一里程碑需要许多学科的共同努力，包括统计学、计算机科学和生物学。”

张在加州大学圣地亚哥分校完成了生物信息学和系统生物学博士学位。他现在是哥本哈根大学的教员 More information: Chao Zhang et al, CASTER: Direct species tree inference from whole-genome alignments, Science (2025). DOI: 10.1126/science.adk9688. www.science.org/doi/10.1126/science.adk9688

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