纽约市病毒数据库可能推进对导致呼吸道疾病严重程度的因素的研究

病毒性呼吸道感染是一个重大的公共卫生问题。1月18日发表在《开放获取杂志》上的一项研究公共科学图书馆生物学美国纽约哥伦比亚大学的Marta Galanti及其同事利用纵向队列数据创建了一个交互式公共网站“曼哈顿病毒组项目:病毒组数据浏览器”，以可视化队列特征、感染事件和疾病严重程度因素。

病毒性呼吸道感染可能导致严重后果。然而，为了开发有效的治疗方法，需要更好地了解宿主反应、宿主基因组成和细菌共感染。

为了有助于对导致疾病严重程度的因素进行流行病学研究，研究人员进行了一项纵向队列研究，在2016年至2018年期间在纽约市对呼吸道病毒进行了19个月的监测。

他们分析了800多个鼻咽样本的临床数据，包括214名参与者的自我报告症状。

从这些数据中，研究人员创建了病毒组数据资源管理器，这是一个公开可用的数据库。

用户可以访问群组数据来可视化和分析感染、症状和疾病结果的变化和模式。

虽然该数据库共享了与感染、症状和基因活动相关的重要队列数据，但该项目有几个局限性。

65岁以上的成年人被排除在队列之外，尽管根据作者的说法，呼吸道病毒可能导致“极其严重的并发症，特别是在婴儿、老年人和免疫功能低下的宿主中。”10岁以下儿童的年龄没有进行分层，模糊了另一个高风险人群婴儿特有的症状和疾病信息。

从研究参与者中收集的数据也不包括疫苗接种状态、免疫缺陷状况和感染过程中的药物摄入，这可能会限制病毒组数据浏览器的应用。

根据作者的说法，“我们提出了一项由数百个样本组成的队列研究，描述了呼吸道病毒感染驱动的转录变化。我们汇编了这些数据，以建立一个公众可用的、用户友好的网络资源，任何用户都可以在19个月的时间里纵向比较被招募者的病毒阳性、症状和转录组变化的模式。”

作者补充说，“这是一篇资源论文，旨在描述宿主对常见且通常无症状的病毒性呼吸道感染的反应。我们收集并提供了一个为期两年的纵向数据集，其中包括来自纽约市不同年龄组的100多名参与者的分子数据和症状记录。

来源: Materials provided by PLOS.
注明: Content may be edited for style and length. Journal Reference: Marta Galanti, Juan Angel Patiño-Galindo, Ioan Filip, Haruka Morita, Angelica Galianese, Mariam Youssef, Devon Comito, Chanel Ligon, Benjamin Lane, Nelsa Matienzo, Sadiat Ibrahim, Eudosie Tagne, Atinuke Shittu, Oliver Elliott, Tomin Perea-Chamblee, Sanjay Natesan, Daniel Scholes Rosenbloom, Jeffrey Shaman, Raul Rabadan. Virome Data Explorer: A web resource to longitudinally explore respiratory viral infections, their interactions with other pathogens and host transcriptomic changes in over 100 people. PLOS Biology, 2024; 22 (1): e3002089 DOI: 10.1371/journal.pbio.3002089